湧蓮寺座向採坐北朝南方向，格局方正，依據縱身中軸線成左右對稱分布的原則，整體建築空間仍沿襲傳統臺灣佛寺的規矩，如山門、水池、前殿、拜殿、正殿、後殿、天王殿、三寶殿、鐘鼓樓、金亭等相當齊全。湧蓮寺在各殿屋頂結構上採用大量的歇山頂及重簷形式屋頂，予人崇高華麗之感。在各殿使用各種造型的藻井，成為湧蓮寺的最大特色。

湧蓮寺在廟宇內外裝飾主要採用剪黏泥塑、彩繪、木雕、石雕等方式，最特殊的技法是有為數不少的飛天樂伎雀替，在其他寺廟尤為罕見，在後殿懋德宮前方，裝置了佔滿壁面以鄭成功史蹟為主的青銅浮雕，中間為「荷蘭降鄭圖」，左右各為延平郡王簡傳、鄭成功坐像，懋德宮沿革志等，這種以大片現代化式青銅浮雕裝飾的作法，在臺灣廟宇中也十分少見。

湧蓮寺門外兩側各立一尊佛教護法神，左韋馱柱杵，右伽藍持槍托塔，高度近一丈，全身青銅精鑄而成，造型威嚴有力，雕塑技藝精湛，是不可多得的現代青銅塑神像作品。縱觀湧蓮寺整體建築，在現代化建築主體中，也大量保留了傳統道廟的題材來裝飾，大量採用現代式建材與裝飾手法，其中又使用不少傳統素材及匠藝，都是湧蓮寺廟宇建築中現代與傳統包容兼蓄的特色。

湧蓮寺、懋德宮創建歷史悠久，已成為蘆洲地區重要信仰中心，在歷屆執事人員及管理委員會全力投入經營下，廟宇歷經四次修建，許多珍貴歷史文物，在本寺耆老周朱桂先生用心地整理下，被完整保存在廟中，成為本寺鎮廟至寶，這些文物有「清淡水縣正堂碑示」古碑、「國姓爺彩繪像」皆為國寶級歷史文物，不僅是本寺珍貴文物，更是台灣歷史重要見證，其他如明代之香爐、清代「觀音佛祖令旗」、「觀世音菩薩」畫像、百年「百首古籤詩印版」日治時期「南海佛祖」、「懋德宮」遺境鑾儀全套，都具有近百年歷史，成為湧蓮寺、懋德宮最珍貴的文化資產。