湧蓮寺起源於清朝穆宗同治元年(西元一八六二)九月，當時位於浙江舟山列島之南海普陀山隱秀庵，有二位比丘名大機（日本人）及咸林（中國人）攜帶南海圓通教主觀音佛祖尊像（即本寺鎮殿祖及善才龍女共三尊）搭帆船欲赴外地募緣，出航遇颱風，帆船漂靠至台北渡船頭（淡水）清晨遇見李佑（本鄉頂竹圍人）欲搭渡船到迪化街行口做生意，見過兩位比丘並答應若當日生意順利，回程一定前來進香，當日李佑生意特別順利提早收擔，依約返回帆船進香，結果香爐發爐，經請示觀音佛祖指點，佛祖欲進駐蘆洲貝局間口（現址）。經通報本鄉總理李宴林及鄉民後，全鄉表示歡迎，於是信眾依佛祖之指示決定供奉，地點及安座方向（其背靠觀音山正峰）並以茅立廟。

同治十一年(西元一八七二)由本鄉總理李宴林，總董李清水等鳩眾新建易茅以瓦，並增祀十八羅漢護法及韋馱、伽藍。日治大正八年(西元一九一九)佛祖花辰(農曆二月十九日)由區長蔡學韜、秀才李聲元以及十三保正倡首，擴建為前殿供奉觀音佛祖，後殿懋德宮奉祀國姓爺(鄭成功)。民國五十年再度翻修廟宇，民國七十年再次擴建，民國八十六年完工，成為目前恢弘壯觀的廟貌。本寺於是成為本市市民信仰中心。民國六十六年十月取得台北縣政府發給之財團法人設立許可證書。

民國八十四年(西元一九九五)十月卅一日經管理委員會暨監事會全體成員決議另成立財團法人湧蓮慈善基金會，並於民國八十五年(西元一九九六)十一月奉內政部核准在案。基金會秉持濟世救人之精神致力於慈善事業為宗旨，發揚佛祖慈悲濟世之善舉。該基金會於民國八十六年(西元一九九七)六月撥款新台幣貳佰肆拾萬元為本鄉國中、國小之清寒獎學金並邀請前連副總統親蒞頒發以資鼓勵受獎學生。